《外科风云》故事起源于多年前一场引发命案的“医疗事故”。一位抢救成功的车祸伤员却因突发药物过敏死亡，当晚责任护士张淑梅被质疑用错药导致病人死亡被迫离开岗位。张淑梅八岁的儿子因不信别人对母亲疏忽致患者死亡的议论，打架被罚，耽误了接四岁的妹妹回家，导致妹妹被人贩子拐走。张淑梅因失女和“用药失误致人死亡”的指责精神逐渐恍惚，自杀身亡，而儿子也在外城投亲后下落不明。
美籍华裔外科专家庄恕为追查30年前母亲张淑梅的事故真相找寻走失的妹妹来到新城仁和医院。当年死者的女儿陆晨曦，师傅博文，成长为胸外科主治医生，却因屡次得罪胸外科主任扬帆，被调至急诊。而庄恕屡次把技能过硬的陆晨曦重新带回胸外手术台。朝夕相处中，庄恕的医术让陆晨曦惊叹，对患者的周到考虑也让陆晨曦反思，二人渐生情愫，最终，庄恕找回了妹妹，也在陆晨曦的协助下还原了母亲当年事故的真相。
