只顾偷看交易的工藤新一，却忽略了从背后接近的另一名同伙。他被那名男子灌下了毒药，当他醒来时，身体居然缩小了！如果让那些家伙知道工藤新一还活着的话，不仅性命难保，还会危及身边的人。在阿笠博士的建议下他决定隐瞒身份，在被小兰问及名字时，化名江户川柯南，为了搜集那些家伙的情报，寄住在父亲以侦探为业的小兰家中。谜团重重的黑衣组织……他所了解的，就只有他们是以酒的名称作为代号的。为了揭露那些家伙的真面目，小小侦探江户川柯南的活跃开始了！
在持续看了10周漫画原著后，诹访道彦决定做一部改编动画。为了让动画从一开始就是解谜故事，同时由于作品播出时一般是观众用餐时段，动画在台词中以“遗体”代替了“尸体”，将血液颜色绘制为黑色，并回避了用刀刺伤或用子弹击中受害者的场景。因为该动画并不是要表现犯罪本身，所以在播出两三年后就不再使用“杀人事件”作为剧集标题。
