《深宫谍影》本剧叙述了一连串宫庭斗争的悬疑故事。康熙12年，以丹格格将要与恭亲王爱新觉罗常宁成婚，却误进嫔妃紫荷的轿子，被康熙宠幸。怀着身孕的以丹格格决定退婚，带上丫鬟青儿逃离家门，归隐尼姑庵。在产下女儿涵香时，为保住女儿葬身火海。涵香长大以后进宫成为衣作坊宫女。因为表现好，被同侪的雅雁挤兑。趁机皇太后大寿，涵香出宫。
市井中，涵香与恭亲王三贝勒海善不打不相识，两个人互生爱意。太子胤禔喜欢涵香的性格，对她纠缠不休。海善对此不爽，太子妃更是处处挤兑涵香。内务总管为报涵香救命之恩，拔擢涵香。依凭身上的玉蝴蝶，涵香获知自己的身世。涵香开始调查母亲被杀的实情。康熙、外祖父母、静妃的娘家人、恭亲王、皇后等等，涵香调查所有与母亲有关系的人。最后，恭亲王海宁被缉拿归案。牢中，海宁自愧，终结自己生命，替这桩长达十几年的悬案划下句点。
