《悬崖上的金鱼姬》叙述5岁的宗介与妈妈理莎，住在一个靠海小村庄的山崖上。身为船长的爸爸常年出海，留下宗介与妈妈相依为命。因而5岁的宗介自小就超龄的懂事，也明白自己必须肩负起家里的责任，要替代父亲照料妈妈。一天当他在山崖下岩石遍及的海滩上玩乐，他拾回了一只头困在玻璃瓶里的人鱼波妞，宗介解救波妞并且将她养在一个绿色的塑胶水桶里。
波妞与宗介彼此着迷。宗介跟波妞说：“别担心，我会保护你、好好照顾你。”，可是波妞的父亲魔法师藤本，逼着波妞跟他回海中。波妞坚决不肯并开始大吵大闹，她心意已决，要成为人类小女孩返回宗介的身边，于是波妞居然决定离家出走。就在她离家之前，波妞把爸爸最珍藏的“生命之水”倒到海水里。这一举动引起巨大的动荡，海平面开始迅速上升，波妞的妹妹们都变成了鱼形的巨大海浪并吞噬了宗介住的小镇，还差点连宗介山崖上的家都波及。
