索马里海域外，我国商船遭到劫持，部分船员被海盗杀死，其他人沦落俘虏。蛟龙突击队沉稳应对，潜进商船进行突袭，成功拯救所有人质。狙击手罗星在追捕海盗时不幸被打中脊柱神经，欠缺的位置由顾顺代替。返航中途，非洲北部伊维亚共和国政局动乱，恐怖组织连同叛军攻进首都，本地华侨遭遇危险。海军战舰收到上级命令转变航向，前去执行撤侨任务。蛟龙突击队8人，整装待发。时间紧急，在“撤侨遇袭可反击，相反则必须防止交火，以免造成外交冲突”的大原则下，海军战舰及蛟龙突击队在恶劣的环境下，停靠海港，成功迁移等候在码头的中国侨民，并在剧烈的遭遇战过后，营救了被恐怖分子追击的中国领事馆人员。然而事情并未完结，就在保护华侨撤离之时，蛟龙突击队收到中国人质被恐怖分子劫持的消息。众人倍感任务艰巨，不顾一切地再次展开营救行动。
《红海行动》其击中人心的不只是电影的“燃”，更有现实的“真”。片中的一个情节，为了拯救他国人质和不使“黄饼”落进恐怖分子之手，特战队员付出了两死一伤的沉重代价，是人民军队忠诚使命的一个缩影。
