海上台风将至，临海市却非常平静，在这个美丽的滨海城市里，掩藏着一个神秘的走私巨头“神仙”，他操控了临海市的全部走私活动，控制着临海市的毒品市场，并用贩毒、走私得到的黑钱，与国际金融寡头合作在亚洲控制股市。市明星企业绿色农场老板汪克恩的弟弟汪克祥，利用他哥哥的农场，长年走私，控制着一个大的走私集团，但也不例外受“神仙”的操控。
一个早就安排在走私集团内部的卧底，在报告走私油轮进海线路时，被残害在公用电话亭，缉私失败，海警支队一片杂乱。这时，刚从海军学院毕业的方舟前来报到，却被任命为1120缉私艇的艇长，内心极不是滋味，但由于遭受缉私艇艇员的轻视，决定要干出个样子。方舟首战告捷，一举缉获了溜进内海的走私油轮，令以汪克祥为首的走私集团大乱，涉嫌帮助走私的临海市海关刘关长畏罪自杀，汪克祥为逃避“神仙”的责难，竟与另一黑社会头目“金鱼”合作，黑吃黑，中途劫走一批就要进内海的大麻，却想不到这批大麻的主人竟是“神仙”。上述只是是故事的开头，方舟与“神仙”真正的交锋才开始拉开帷幕。
