江湖中相传着桃都鬼医桃夭只治妖怪不治人的传说，由于丢失了自己看管的百妖谱，因此带上小和尚磨牙、跟班狐狸滚滚、蛇妖柳公子一起云游四海，本作就述说了他们途中为各色各样妖怪看病排忧解难的故事。这个故事有一条隐隐约约的主线，便是众人找寻百妖谱的过程，可是简言之这一部分在正片剧情中所占的比例确实太小，更多时候仅仅是作为一条线索，串起了一段一段的单元故事。他们每一次都遇上不同的妖怪，说是看病，实际上更多是在解决这些妖怪和人类之间的恩怨情仇，在这些恩怨中，在正统概念中本应是大反派的妖怪们，往往都心地善良纯真，愿为人类朋友付出一切，而人类却经常显得愚昧无知贪得无厌，脆弱善变，这一设定倒是颇有点致敬《聊斋志异》的意思。
《百妖谱》述说的故事更像寓言，有一定的价值观念输出，但是不突兀不生硬，点到即止，润物细无声，全凭观众自己品味。从内容上看，《百妖谱》的故事既有中国古风气息，又有现代审美，两集一个故事，节奏明快，反转有力，看罢有笑有泪。故事里的人物塑造也很好，性格鲜明，纹理明确，足见编剧功力。从画风上看，虽然谈不上顶尖，但是质感极佳，没什么硬伤，是一部诚意佳作，体验很好，值得一看。
