20世纪初,3名执行任务失利、遭东北军阀俘获的吴大帅的飞行队将士姜城、花同瑞和上官羽破,被吴大帅的内卫局营救重回天津,内卫局分析三个人中一个已经倒戈,决定派刘璃调察上官羽破,刘璃遂对他开展了监控,上官都逐个解决,且在吴大帅的飞行队建设环节中,上官羽破自始至终表现优秀。刘璃在调察上官羽破的过程中,慢慢产生了对他的爱情,上官羽破对刘璃也有好感,但上官羽破与女友墨纯交往很多年,这段爱情使上官羽破与刘璃都陷于纠结中。上官羽破慢慢触碰了南方革命党的观点,心里产生了对反帝反封建的信念。内卫局逐渐把严查目标转为姜城、花同瑞,内奸姜城总算被查处。1926年底,“北伐战争”将近成功,吴大帅手底下的内卫局深受压力,上官羽破与琉璃子接纳了南方革命党的观点,走上了找寻打败列强消灭军阀的道路。
《潘多拉的秘密》在故事情节内容上可以将其归之于神剧行列。尤其是一部分打斗场景,拿着冲锋枪环形扫射,女一号居然一点血不掉,只能说这种理想状态是编剧凭空捏造的了。包括后边的飞机撤退的场景戏码,简直是当代的直升机才可以完成的任务,居然放在了百年之前的破飞机上。故事情节无需逻辑只需爽,这就是《潘多拉的秘密》的最大特点。