明朝嘉靖年里，嘉靖帝昏庸无能，朝廷被严党掌权，内部朝政腐败，沿海倭寇猖狂，整个朝野被紧紧掌控在严党党魁——奸相严嵩之子严世蕃的手中，明朝危在旦夕。少林寺观海方丈归隐达摩洞后，少林僧众既心忧国难，又对前途一片茫然。少林新收的俗家弟子程闻道、高剑雄、海大力与严氏父子有灭门之仇，因天分极高，被分别安排到达摩堂，药局和般若堂苦修武功、医道和禅学。为了达到控制少林为己所用的目地，严世藩借平倭之名调走了少林武僧团，又串通少林叛徒疯头陀霸占少林，把一方禅林净土变成了人间炼狱。练功有成的程闻道等人在观海大师的暗中帮助下，率领少林僧众与疯头陀和严党周旋，最后铲除了疯头陀，并帮助朝中的正义之人扳倒了严氏父子。
《少林问道》中，古朴素雅的色调，结构紧凑的故事，性格鲜明的人设，为人称道。本剧在历史背景下阐述了国仇家恨，描述了僧、将、儒之间的纠葛，把道义、情义、命义、禅意融合其中，让人体会个中道理。除了故事情节以外，本剧客观展现了明朝时期的社会风貌和凡俗民情，秉承禅宗和少林寺的思想内核，塑造人物命运，充满禅意。
