因家逢不幸而迫不得已中止学业的医科大学学生顾初在经历了数年社会磨练后重返校园，她想完成学业和自个当初的梦想。毕业实习期内，顾初碰到了作为法医中心主检法医生的陆北辰，而陆北辰的另一个身份是顾初已故男朋友陆北深的双胞胎哥哥。顾初带上繁杂的情绪努力和陆北辰和睦相处，而陆北辰却难以释怀弟弟的死对顾初心存成见。顾初与陆北辰在一块破获一次又一次案子后慢慢卸下心结，就在两个人认为还可以重新来过的时候，兄弟真情和两个家庭的矛盾却横贯在两个人面前。最后，正义打败邪恶，爱感化一切，实情让凶手无所遁形，两个人的爱情也修成正果。
《我知道你的秘密》故事情节紧贴社会热点，关注社会话题。每一个案子都是对人性品德的深层拷问，从萧雪案的“控制欲”到小酥肉案的“食品安全”，再到“宋启航案”中的“家庭暴力”。悲剧的发生，通常来源于沉默。剧里筱笑笑的饰演者石蕊在微博平台为家暴发声，支持家暴受害者拿起法律武器对“家暴”勇敢说“不”。
