本剧叙述了自云顶天宫事件过后的系列故事,吴邪从三叔处获知西沙海底的隐情,及其战国帛书与老九门的恩怨后,接到两盘张起灵寄来的录像带的故事。本来只对三叔经历感兴趣的吴邪历险归来后接到神秘录像带,察觉自己被卷入一场阴谋中。他只身一人探险格尔木疗养院,巧遇张起灵等人,组成六人小队结伴而行。在西王母宫中意外发觉神秘陨玉,却不想这时三叔忽然失踪、张起灵失忆;为协助张起灵寻回记忆,众人一路探索,发觉张家古楼正是关键所在,却因为裘德考势力的介入不能而终。霍老太忽然出面与吴邪等人联手,复制当年九门的联合行动再次去张家古楼探寻真相,忽然在行动中突发意外,众人陷入危机。到此谜团未解,各方势力失衡,吴邪迫不得已戴上面具伪装成三叔。
本剧以原著小说4本书的内容改编精简为36集,以其高度还原原著名场面引发原著粉及观众的津津乐道。《终极笔记》真正实现了剧情环环相扣不注水,是行业致力打造短剧集的精品佳作,也为行业IP改编剧树立了一个良好的标杆。本剧的青春探险故事、紧凑的悬疑剧情也引发了广大观众纷纷给制作团队留言催更。