魔仙堡是一个神奇的魔法世界,由魔仙女王统领,仅有魔仙才能够学习魔法,并且要懂得运用所学魔法来帮助别人。心术不正的黑魔仙小月竟偷练黑魔法,夺走魔仙彩石,欲夺取最高魔法的秘密,躲进人类世界。守护彩石的魔仙小蓝,为了将功赎罪,领命追寻魔仙彩石,因此来到人类世界。小蓝就藏身于八音盒内,被凌美琪、凌美雪带回家中变成凌家的保姆,与美琪、美雪结下一段珍贵的友情。在魔仙女王的首肯下,小蓝教会美琪、美雪魔法,让她们变成小魔仙,正面地用魔法帮助人及帮助寻找魔仙彩石。
《巴啦啦小魔仙第一部》主要以小魔仙美琪美雪的校园和成长经历开展故事,本剧主要有两条主线,一条是实习小魔仙美琪美雪通过考核转为正式小魔仙,一条是魔仙小蓝领命找回魔仙彩石。许多魔仙迷表示《巴啦啦小魔仙第一部》的剧情是巴啦啦系列中最耐看,最紧凑,最经典,同时也是最有教育意义的;如严莉莉和美琪美雪之间,严莉莉的父母工作忙,一直没时间陪她,并且她妈妈一直看中她的学习成绩,这造成 了严莉莉的嫉妒心和好胜心强,她一直以美琪美雪为敌,以至于让黑魔仙小月给利用了,但到最后她们三人还能变成朋友,实为不易。