《99分女朋友》故事的基本模板虽是“霸道总裁爱上我”，但剧中的这个总裁与我们此前在偶像剧中了解的总裁又十分不一样。编剧利用许多细节，多方位地将沈亿塑造成史上抠总裁。“霸道总裁”与“史上最抠”进而产生明显的反差，跌破了观众的审美预期，进而具备让人发笑的喜剧效果。本剧的反套路设定，为剧集带来许多梗。但它也不是纯玩梗的剧集——单纯靠玩梗是没法堆砌出完整有效的情节链条的，皮之不存毛将焉附，编剧梗再多，也必需以一个顺畅的故事打底。《99分女朋友》的故事底本尽管是普遍的韩式偶像剧套路，但起码它是一个“故事”。
儿时，她被他弄伤，脸部留下一条疤痕，而他因软弱躲避了责任，因此两人承受伤痕分别成长。再一次相遇，她是化妆师孟茴，而他是她认为的化妆品LS公司小职员沈亿。一档美妆节目让他们正式相识，孟茴知道他原来是LS的总裁，出乎意料遭受刺激后，孟茴一厢情愿宣布自己是总裁女友。
