电影讲述的是杨天青的叔叔杨金山，是一个有生理缺陷的染坊主，在折磨死自己的两房太太后，为了延续自家香火，他花了大价钱，买来了一个年轻漂亮的女人菊豆，并对其百般虐待。年近四十，一直没有娶亲的天青，对叔叔每夜折磨而痛苦哀嚎的菊豆心生怜爱，两人私通之下，有了一个儿子。杨金山很是欣喜，一直讲孩子视如己出，并给其取名为杨天白。不久后杨金山中风，半身不遂，菊豆和杨天青就更加放肆了，得知真相后的杨金山，想要报复菊豆和杨天青，但却误坠入染池，丢了性命。按照家族规矩，杨天青要搬出染坊，被迫分离的菊豆和天青，只能暗中来往。十年后，天白长大，外人的闲言碎语让他对生父很是仇恨。
张艺谋在拍摄该片时，选择了一个真实的牢笼，位于徽州南屏的秩序堂。祠堂，本就是封建社会时的产物。如此巧妙的安排，与张艺谋在《菊豆》这部电影当中，所要表现得与封建势力的对抗相得益彰。
