《异形:觉醒》的时间线设定在詹姆斯·卡梅隆执导的《异形2(Aliens)》之后，并且从《异形》系列的故事路线中无视掉1992年的《异形3(Alien 3)》和1997年的《异形4(Alien: Resurrection)》，因此能在电影中看到正常人类版的Ellen Ripley、27岁的小女孩Newt、在前作幸存的下士Dwayne Hicks。西格妮·韦弗表示:"就像是马路出现分叉一样，其中的一个方向指向了《异形3》、《异形4》，而另一方向则指向了尼尔的片子。"
《异形:觉醒》的故事将接续《异形:契约》，迈克尔·法斯宾德饰演的仿生人大卫引发了Paradise星球的大屠杀，工程师惨遭灭绝，一批幸免于难的工程师将对大卫展开复仇计划。这场复仇的主舞台可能是星球LV-426，这里是雷德利·斯科特执导的首部《异形》电影中雷普利第一次遇到异形的地方。也就是说法斯宾德饰演的角色将被带回最初的《异形》三部曲电影的世界当中。
