影片由三个小段落组成，每一个小段落自成一章，之间有着微弱的联系。段落一，讲述的是科雷、摩尔、拉里三个婴儿被装载一个旅行包内丢到了孤儿院的门口，一个修女看到了这个包裹，便上前查看。不了却被科雷用“插眼二指禅”戳了个人仰马翻。从此之后，这三个小朋友就在孤儿院里生活了下来。段落二，讲述的是这三个人长到了40来岁，变成了三个臭皮匠。他们走到了社会上，在社会上闹出的各种各样的喜剧和笑话。段落三，讲述的是三个臭皮匠自娱自乐的故事。只有他们三个人，互相插科打诨，制造喜剧。
在《三个臭皮匠》中，夸张的表演仍然是影片的主基调，也许是经历了这一个多小时三个活宝的轮番轰炸出现笑点疲劳，猝不及防的来了一个事先没怎么注意到的修女身着让人倒吸一口凉气紧接着又咽下几口唾沫的漏骨泳衣，这样的反差与逆袭让人不得不对这个一闪而过的镜头反反复复摩挲观摩很多遍。
