朝廷十万两修河款不翼而飞，今夏奉命协助陆绎一起下扬州查案，替朝廷找回丢失的官银。本是道不同不相为谋，却因惊天密案联手。两人从势同水火到刮目相看再到情难自已，命运的齿轮从此旋转在一起。然而事与愿违，今夏竟是当年夏然案的遗孤，背负家族血仇的她与陆绎之间横生了无法跨越的鸿沟。最后，两个有情人历经苦难，为救百姓、抗倭寇、锄奸佞，放下家族仇怨，联手对敌，冲破世俗枷锁，勇敢地走到了一起。
《锦衣之下》大方向与小说一致，但细节上的改动颇大。编剧丰富了大量案件细节，将案件复杂化了。这一策略的一大作用是，以探案为媒介，增加男女主角互动。另一个作用是，铺开叙事线索，让几个主要人物一一登场。该剧针对案件所做的诸多调整，通过案件让男女主相遇，并按照剧情发展相互了解对方，一步步推动剧情发展，解开身世之谜。
