第42集:刘阿常之死让程慈航彻底知道所有的一切背后的指使者就是莫采石
警员告诉程慈航(乔振宇 饰)，尸检显示刘阿常(马仑 饰)是酒后失足溺水身亡。程慈航发现刘阿常手中紧紧攥着一个玉佛。刘阿常的被杀，似一道闪电把程慈航心照得通亮，又被撕得隐隐作痛，他已经可以把事情的始末完整地还原出来，但还缺乏五九档案的下落。
程慈航不知道刘阿常握着这个玉佛到底想说明什么，他在刘阿常家中发现《妙法莲华经》中藏着严达庆(王品一 饰)在茅山监狱的档案，原来安排严达庆到茅山监狱工作的竟然是莫采石(巫刚 饰)，程慈航的莫叔叔。所有的链条都能串起来了，程慈航一下陷入进退两难的境地，他不知道该何去何从。这时，座钟的报时惊醒了程慈航，他仔细观察座钟，发现竟然不是父亲的遗物，原来，莫采石一直都在骗自己！
程慈航到灵谷寺还经书时得知，宪兵队入住藏经阁是在受降式的第二天。他想到以前查侍从室时有个特别行动队，他们一直守护着某处藏经地方。程慈航这时又想起原来发现的绿色漆皮，他把所有的线索放在一起，推断出五九档案就在藏经阁，程慈航要进藏经阁一探究竟。
程慈航赶到警察厅，就被关天平(司源 饰)拉到屋子里。关天平向程慈航坦诚自己是共产党员，他希望程慈航能够帮自己的组织找到五九档案，交给远东国际法庭，为四万万中国同胞报仇。关天平邀请程慈航为了民族利益加入共产党。程慈航以自己是独立大侦探为由拒绝了关天平的邀请，关天平承诺愿意无条件帮助程慈航找五九档案。这边，霍蜜儿(郭晓婷 饰)为了帮程慈航弄到委员长手谕，她闯进霍然(屈刚 饰)办公室，逼走卫兵，找到蒋介石给霍然一道的手谕，找人仿制了一张总裁手谕。
莫采石被五九档案这个魔咒折磨得寝食难安，他即将崩溃，甚至闻到了死亡的气息。这时，孙副官送来侍从室要求用五九档案和美国人谈判的密函，莫采石长长地松了口气，一时悲喜交加。莫采石找到哈金斯(麦克 饰)，代表政府和哈金斯商谈交易五九档案的条件，莫采石提出要一大笔资金，好安排程慈航和霍蜜儿到美国生活。
条条线索直指莫采石就是五九档案的持有人，程慈航决心和关天平、方捷(张天霖 饰)等人联手寻找五九档案。这时，觊觎五九档案已久的小野(乔波波 饰)等人闻风而至。
