第1集:风暴回归
拜格威尔身陷一场密谋布鲁斯前往也门探究真相
总统日，伊利诺伊州福克斯河监狱。今天，是拜格威尔出狱的日子。他精心收拾了一番，看到镜子里的自己，赞不绝口。狱警将他的所有物品做了归还。拜格威尔发现了一封信，看到里面的内容，拜格威尔的好心情一扫而光。
布鲁斯正在被追债的人追赶，他躲进了贫民区的一所房子里，追债的人在外面狠狠的警告了他一番便离开了。布鲁斯从房子里出来，急忙往回跑。等拜格威尔和布鲁斯本就相互厌恶，待多时的拜格威尔看到跑的上气不接下气的布鲁斯，免不了对他一阵奚落。
布鲁斯让拜格威尔滚出他的视线，拜格威尔拿出信封，称他们又要联盟作战了。布鲁斯本以为拜格威尔在戏耍他，但看到邮戳后不得不相信这是真的。原来是布鲁斯的弟弟寄过来的信件，布鲁斯不敢相信自己的弟弟竟然还活着。命运再一次将布鲁斯和拜格威尔联系在了一起。
布鲁斯来到了纽约州的伊萨卡找莎拉。他将弟弟迈克尔可能还活着的消息告诉了莎拉，莎拉觉得不可思议，但她非常希望自己的丈夫如信上所说还活着。两人正说话间，雅各布带着莎拉的儿子小麦回来了，雅各布看到布鲁斯很是惊喜。莎拉的儿子更是一脸崇拜的看着布鲁斯，莎拉告诉布鲁斯自己之前跟儿子讲过很多关于他和迈克尔的经历，所以儿子将父亲迈克尔和叔叔布鲁斯当神一样崇拜。
雅各布准备了些啤酒，三人准备好好聊一下这些年发生的事情。莎拉让儿子先去洗澡。布鲁斯将照片拿给莎拉看，莎拉提醒布鲁斯这张照片和信封是拜格威尔拿过来的，所以莎拉坚持认为这张照片是处理过的。听了莎拉的分析，布鲁斯也认为自己是太想念迈克尔了。布鲁斯来到迈克尔的坟前，偶然间发现了照片底边上的一行字母，布鲁斯查询后惊喜的发现是一个叫奥杰吉亚的监狱，为了消除心中的疑惑，布鲁斯决定挖开迈克尔的坟墓，验证真假。
拜格威尔正在网上搜寻着今天晚上的约会对象，却意外接到了一个叫维特康保的人的邀请。拜格威尔晚上9：30准时来到了德兰大学101大楼。维特康保是做义肢研究的，他称自己收到了一个匿名汇款，要求他的第一个义肢手术实验对象必须是拜格威尔。维特康保承诺会给拜格威尔一个行动自由的义肢。拜格威尔心动了。
越狱第五季剧照
布鲁斯掀开迈克尔的棺材，发现里面果然没有尸体。再返回的路上，布鲁斯被人跟踪，神秘男人在路上操控了布鲁斯的车子，以至于车子失控掉进了水里。布鲁斯意识到有人要杀他，他上岸后急忙将这个情况告诉了莎拉，莎拉惊魂未定，便看到一个女人持枪朝她家走来。莎拉赶忙报了警，雅各布手忙脚乱的找出藏在画布后面的手枪还没装好子弹便被神秘女人射伤。莎拉带着孩子躲进房子，关键时刻，警察赶到。神秘女人迅速撤离了莎拉家。
布鲁斯赶到医院，雅各布正在里面接受手术。莎拉不敢相信迈克尔还活着，她也不能理解要是迈克尔活着，为什么要抛弃他们。最后，布鲁斯决定去也门。首先他必须找一个熟悉也门的人，所以他来到了纽约布法罗找富兰克林。富兰克林注意到了照片上的阿克萨清真寺，他给奥杰吉亚监狱打电话询问迈克尔的情况，监狱却回复并没有此人，布鲁斯意识到有人想要将迈克尔从这个世界中抹去。
星期一，拜格威尔如约来到了维特康保的实验室，准备接受手术。布鲁斯回酒店收拾，突然他察觉有人进了他的房间，转身发现竟是苏克雷。原来苏克雷从富兰克林那听说布鲁斯要去也门的是之后决定与布鲁斯一起去。布鲁斯看到苏克雷很是开心，但是坚决不同意苏克雷跟他去也门冒险。布鲁斯正准备登机，富兰克林赶来称自己会说阿拉伯语，在那边可以利用自己的身份进入阿克萨清真寺工作，有机会可以进到监狱，所以要随他一起去。布鲁斯答应了。楼上，神秘女人监视着两人的举动，密谋杀害布鲁斯的行动部署。
布鲁斯和富兰克林顺利到了也门。一下飞机两人便目睹了一幅炮火连天的景象。一个司机冒充接富兰克林的人将两人带进了陷阱。来接富兰克林的希巴看到两人上了错的的士，便立即开车追赶，成功将富兰克林和布鲁斯接回了住地。
拜格威尔顺利完成了手术，但是他觉得自己不对劲。拜格威尔质问维特康保在他身体里装了什么，维特康保告诉拜格威尔他只不过给他装了硬件，但所有的一切都是由拜格威尔自己控制的。这天，拜格威尔才知道了自己的实验捐助者“乌提斯”。
这边，布鲁斯看着从迈克尔棺材里找出的衣服，注意到了衣领上的字母“卡尼尔.乌提斯”。希巴找来了与奥杰吉亚监狱有些关系的奥玛，奥玛称自己可以安排一次探视，但是前提是用布鲁斯的护照交换。在也门，护照就是通往自由的机票，比黄金还珍贵。布鲁斯不顾富兰克林的劝阻依然将护照交给了奥玛。
布鲁斯、希巴和富兰克林三人来到了奥杰吉亚监狱，富兰克林询问得知这里并没有一个叫迈克尔的人。布鲁斯以为是希巴的手下奥玛骗了他，所以对希巴大发雷霆。富兰克林拿出迈克尔的照片，询问狱警，狱警称这个人确实在这里，但不叫迈克尔，而是叫卡尼尔.乌提斯。狱警将卡尼尔.乌提斯传唤了过来。布鲁斯看到了他，他就是迈克尔。但是卡尼尔.乌提斯却称自己并不认识布鲁斯，结束了探视，转身回了监狱!
