《黑洞》的故事讲述的是，陶泽如饰演的刑警队长刘振汉一路追查自己的结义兄弟、陈道明饰演的聂明宇的违反犯罪行为，在此过程中牵扯出整个城市官商勾结的黑幕。虽然整个过程中承受了不少波折和困难，但邪不压正的逻辑在不管什么时代都是主旋律，故事走向永远是扫黑除恶，还民众一片青天。《黑洞》的故事建立在一个正邪对立和情感纠葛的传统表面之上，但其实故事的重点与此并无关系，一方面在扫黑这个主题下理应有的各种桥段——追捕、审讯、各种力量的暗中纠缠——都被一笔带过，查案和缉捕过程并没有主动营造紧张感和急迫感。另一方面，作为故事情感线，刘振汉和聂明宇的兄弟相残也并没有尽量着墨描写，为人刚正不阿的刘振汉甚至在案件推进过程中一直对待自己兄弟兼救命恩人保持相当的理性态度，几乎没有在关键时候表现出过犹豫和动摇。
该剧的故事原型取材于一个真实的案例，经过适当的艺术加工而出，当然，这不是真正的重点，真正的重点在于它特殊的时代背景和标志性含义——彼时，震惊全国的“厦门远华”走私案刚刚东窗事发，引发了高层对地方政府或明或暗纵容走私的担心，因此为了警示性的效果，让其故事尽可能的真实再现现实。特别的关照让《黑洞》的尺度非常之大。
