本剧叙述了乾隆皇帝之女紫薇到北京紫禁城与失散的生父相见。在无路可走之时遇到女飞贼小燕子，并结成姊妹。小燕子为她想办法混进宫，但在阴错阳差中与紫薇对换了真实身份，变成宫中的“还珠格格”并广受乾隆皇帝疼爱的故事情节。
本剧首部是依据琼瑶的同名小说改编而成，小说集共3册，先后名为《阴错阳差》、《水深火热》、《真相大白》。作者琼瑶在一九九七年到北京旅游观光，经过“公主坟”时，一瞬间被这新奇的名称勾住兴致。琼瑶表述到过北京很多次，对北京的名称和巷名特别感兴趣，因为它很写实。比如帽儿胡同像帽子，狗尾巴胡同像狗尾，看见名称就可以预料它的地形。但是北京有一个地方叫‘公主坟’就十分怪异了。她和许多好朋友提及，才知道这一个名称有一个传说故事：据说，在乾隆时期，乾隆皇帝收了1个民间女子当做养女，封为格格。这名格格过世后，由于不可以葬在皇室墓地，因此 就葬在‘公主坟’这个地方。《还珠格格》这个故事的启发就来自于琼瑶在北京到公主坟的一回旅游观光。由于本剧是琼瑶初次试着将女一号定为1个脑洞大开的小燕子，与过去她写的苦情剧女一号都不怎么一致，在最开始开始拍时，并并没有报很大期待，那个年代，由于大伙拍历史电视剧、古装剧都很严谨，算是她的1个新尝试，并没有想着最终会变成经典之作。
