此剧改编于兰晓龙的同名小说，主要叙述了1942年期间中国各地军民协同抗击日本侵略者、承担战争痛苦的故事。1942年，中缅边境有座叫禅达的小镇。隔三差五遭受炮火袭击的地方，汇聚着一群来自五湖四海的溃兵。他们是小太爷孟烦了、军医郝兽医、东北佬迷龙、阿译长官、湖南人不辣等。他们只为有吃的死不了，犹如活死尸。此时，师长虞啸卿出现了，他想利用这群散兵重组川军团，抵达缅甸参与战争。但到达战场的小分队面对的却是无法挽救的溃败。最终剩下的孟烦了一行人被逼退到四面楚歌的小屋里。外面是接连不断靠近的日本兵，危机的最高点，解救他们的是自称团长的龙文章。
龙文章此人，由来未知，不按常理出牌，却惊喜地带领着孟烦了一行人渡过怒江，回到了禅达。等候他们的不是奖励，反而是看守。而龙文章则被发觉根本不是什么团长，反而是摘了军衔自己挂帅的中尉。就在大家都猜想龙文章凶多吉少时，龙文章不但没死还被虞啸卿任命纵览全剧，他们打了好多年仗，其中接连不断看到希望，却没获得一次值得亢奋的胜利。与别的鼓吹战争的剧不同，《团长》真正描画出战争的惨忍。一个连的中国陆军，因为装备不全，被日军坦克无情碾轧，丧心病狂地被残杀殆尽。通过血战打下的据点，并不能带来亢奋的欢呼，只有一具具数不清的尸体、墓碑，以及哀伤的死寂。
