魔仙堡是一个神奇的魔法世界，由魔仙女王统摄，仅有魔仙才能够学习培训法术，并且要学会应用所学魔法来帮助他人。心肠坏的黑魔仙小月竟偷练黑魔法，夺走魔仙彩石，欲夺得最高法术的隐秘，躲进人类世界。守卫彩石的魔仙小蓝，为了能将功赎罪，领命寻觅魔仙彩石，因此赶到人类世界。小蓝就藏匿于八音盒内，被凌美琪、凌美雪带回去中变成凌家的保姆，与美琪、美雪结下一段珍贵的友情。在魔仙女王的肯定下，小蓝教美琪、美雪法术，让她们变成小魔仙，正面用法术帮助人及帮助找寻魔仙彩石。
《巴啦啦小魔仙第一部》关键以小魔仙美琪美雪的校园和成长历程开始故事，本剧关键有两个主线，1条是实习小魔仙美琪美雪历经考评变为正式小魔仙，1条是魔仙小蓝领命追回魔仙彩石。不少魔仙迷表示《巴啦啦小魔仙第一部》的剧情是巴啦啦系列中最耐看，最紧凑，最经典，同时也是最有教育意义的。
